Odbor infektológie sa zaoberá bojom proti infekčným chorobám. Hlavnou náplňou ambulantnej činnosti je prevencia, diagnostika, diferenciálna diagnostika infekčných ochorení (hlavne črevné infekcie, respiračné infekcie, vírusové hepatitídy, neuroinfekcie, parazitárne choroby). Veľmi dôležitou a aktuálnou je otázka očkovania detskej populácie.